一、兩者依據的法律不同
軟件的著作權保護依據《著作權法》和《計算機軟件保護條例》；軟件的專利保護依據《專利法》，具體審查標準參見國家知識產權局專利《審查指南》第二部分第九章“涉及計算機程序的發(fā)明專利申請審查若干問題”。
二、兩者的保護原則不同
軟件著作權是在軟件創(chuàng)作完成后自動產生的，也是自愿進行軟件著作權登記，登記的目的是體現公證的效力，主要用于聲明著作權權屬，同時使后續(xù)維權時的證據力度更大。
軟件專利則必須向專利局提出申請才能獲得保護，因此必須要積極申請，且專利制度也是以“用公開換保護”為原則。
三、兩者保護的客體不同
軟件著作權申請?zhí)峤坏馁Y料是源代碼及用戶操作手冊，所以軟件著作權保護的是表現形式，不保護思想。
這樣就有可能出現競爭對手將你的軟件進行研究，然后改變編程語言，達到的結果是一樣的，但由于代碼不相同，所以不侵犯著作權。
軟件專利則不同，在申請時描述的是軟件的設計構思（注意一定要以技術方案的形式表現，或者最好能夠結合硬件來表現），包含了軟件流程圖的內容，而不是主要說明采用哪種程序語言實現。一旦獲權后，他人只要采用了軟件專利的設計構思或方案，就可能構成侵權。
四、兩者的申請通過率不同
軟件著作權實行的是登記制，一般不需要經過實質審查，只要形式審查時提交的材料符合要求，并且不違反《著作權法》的規(guī)定即可獲權，登記通過率極高。
軟件專利需要經過形式審查和實際審查。
形式審查主要是審核專利材料是否符合申請要求，形式審查通過后就會公開，再進入實質審查，審核該專利是否符合《專利法》的要求，并且要滿足新穎性，創(chuàng)造性，實用性等諸多要求。
一般純軟件型的專利不易獲權，通過軟硬件結合的方式會提高其授權率，但總得來說通過率依然不高。
五、兩者保護期限和維護費用不同
軟件著作權根據其法律規(guī)定的相關著作權保護期為作者有生之年加死亡后50年；法人及其它組織的作品，其法律規(guī)定的相關著作權的保護期為50年。費用方面只會繳納前期的申請費，后續(xù)不會有維護的費用。
一般來說軟件專利只能申請發(fā)明專利，保護期限從申請日起算20年。并且發(fā)明專利每年都需要繳納年費，過期不繳納即視為放棄專利權。
六、兩者優(yōu)缺點不同
軟件著作權可以不用公開就受到保護，并且能夠讓創(chuàng)作者快速地獲得著作權保護，普通登記一般4個月左右授權，采用加急申請軟件著作權最快能一個工作日授權。能夠讓著作權人快速搶占市場，拿到政府相應的資助。但是軟件的進步相應來說是較快的，所以在申請的過程中的有可能就錯過了軟件市場。
軟件專利必須以公開換保護，發(fā)明專利申請時間是1~2年，一般不能采取加急形式。但是專利保護的是設計構思和方案，所以保護的力度更強，并且專利還可以提出一些現在不能實現的專利，等到技術發(fā)展了能夠實現該專利了，再以許可的方式去獲得收益，很多大公司的專利儲備就是按照這種方式來的。